OxaSeis

que les parece esto?
Hace algún tiempo que necesitaba juntar archivos pdf's, suele pasar que uno hace capitulos de los cursos que se dicta y bueno debe ver otras herramientas, pero hay una que para unir archivos pdf's es buenisima y rapida.

es pdftk : pdf tool kit
veamos:

instalar:

apt-get install pdftk

unir archivos:

pdftk archivo1.pdf archivo2.pdf cat output archivo_final.pdf

asi de sencillo pueden dar 1, 2, 3, 4, etc archivos ha unir..

leer aqui mas opciones
http://www.accesspdf.com/article.php/20041129175231241